Die heutige Orgel, 1973 von Franz Breil aus Dosten errichtet, trat in einzelnen Teilen schon 1829 den Weg nach Wissen an.
Nachdem der Stadtbrand 1788 die Kirche und somit auch die Vorgängerorgel zerstört hatte, kaufte die Pfarrgemeinde Wissen das 8-registrige Orgelwerk aus der Franziskanerkirche Attendorn, das 1793 vom Orgelbauer Christian Kleine aus Freckhausen errichtet worden war. Orgelbauer Christian Roetzel aus Alpe errichtete das neue Werk in der Wissener Pfarrkirche.
1848 erwarb Orgelbauer Loos aus Siegen die Wetzlarer Domorgel mit 22 Registern. Diese vereinigte er mit der Orgel aus Attendorn, sodass die Pfarrkirche Kreuzerhöhung im Oktober 1849 ein 2-manualiges Instrument mit 29 Registern aufweisen konnte.
Diese Orgel war aber schon kurz nach ihrere Fertigstellung störanfällig und im Klang nicht zufriedenstellend. Deshalb baute Orgelbauer Fabricius aus Kaiserswerth bei Düsseldorf 1912 die Orgel um. Das Gehäuse musste zerschnitten werden, da im Inneren jetzt Platz für 39 Register geschaffen werden musste. Die ursprüngliche Mechanik wurde entfernt und ein pneumatisches Spielsystem eingebaut. 12 alte Register blieben erhalten, wurde aber stark verändert. Kurz nach dem 2. Weltkrieg war das System wieder so störanfällig, daß 1963 Verhandlungen zum Neubau einer Orgel begonnen wurden.
Franz Breil aus Dorsten brachte 1973 das spätbarocke Gehäuse wieder auf die ursprünglichen Ausmaße. Die schon beim Umbau 1912 benutzten Register fanden in dem neuen Werk wieder Platz. Zusätzlich erhielt die Orgel ein Rückpositiv, was in die Emporenbrüstung eingearbeitet wurde. Die Traktur, also die Verbindung zwischen Taste und Ventil ist teilweise aus Aluminium, teilweise aus Seil.
Für die Pfeifen des Pedals wurde ein separates Gehäuse hinter das von unten sichtbare Orgelwerk gebaut. Dies ist auch der Grund, warum der Mittelteil des Schlußfrieses vom Hecker-Fresko heute nicht mehr sichtbar ist. Er wurde gemalt, bevor die Orgel nach vorne verschoben wurde.
Erkennen kann man die Bauphasen der einzelnen Teilwerke am Schleierwerk, die Bezeichnung für den kunstvollen oberen Pfeifenabschluß. Am Originalgehäuse ist er geschnitzt und vergoldet, am neuen Rückpositiv in Edelstahl-Halbschalen gearbeitet.
Der Organist kann auf den 3 Manualen und dem Pedal 31 Register oder 2346 Pfeifen zum Klingen bringen.
Im April 2016 wurde die Steuerelektrik der Orgel komplett erneuert. Die Leuttasten zur Bedienung der Register wurden durch moderne Kippschalter ersetzt. In diesem Zug ist auch die Anordnung der Schalter etwas bedienerfreundlicher organisiert worden.
Ebenfalls aufgewertet wurde die Speicherkapazität. Von vormals 4 freien Kombinationen auf einen modernen Setzer mit 26 x 1000 Speicherplätzen. Auch das Äußere des Spieltisches hat sich verändert. Im Zuge der Emporensanierung wurde der Spieltisch in seinen Ausmassen verkleinert und farblich den anderen Gehäuseteilen angepasst.
Seit 2012 verfügt die Pfarrei über einen Zimbelstern, der für die Chororgel angeschafft wurde. Dieser ist aber auch auf der Hauptorgel einsetzbar. Als klene Zugabe verfügt die Hauptorgel seit dem Umbau auch über eine Nachtigall.
Die letzten Arbeiten an der Orgel wurden im April 2022 abgeschlossen. Nach einer starken Verschmutzung durch einen Heizungsschaden musste die Orgel komplett gereinigt werden. Das Instrument wurde zerlegt, von der Rußverschmutzung befreit und neu intoniert.
Somit ist sie die Orgel jetzt technisch und klanglich wieder für die nächsten Jahrzehnte bereit.
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